Personnage principal de cette histoire, Clad est engagé par « Avalanche », un groupe de terroristes qui oeuvre pour le bien de la planète. Il fut dans le passé membre du « Soldat », armée privée de la Shinra. Cinq ans avant le début du jeu, il a fait équipe avec Séphiroth, le guerrier le plus fort et le plus respecté de la planète, dans une mission peu périlleuse sur laquelle planent de grands mystères, puisque suite à cette mission, la Shinra a officiellement déclaré la mort de Séphiroth. Tout au long du jeu, Clad va renouer avec le passé et l'affronter sous toutes ses formes, alors qu'en parallèle, il combattra pour la survie de la planète.